Chức năng, nhiệm vụ, cơ cấu tổ chức của Khu Bảo tồn thiên nhiên Nam Nung thực hiện theo quy định tại Quyết định số 537/QĐ-SNN ngày 27/7/2016 của Sở Nông nghiệp và PTNT tỉnh Đắk Nông, về việc quy định chức năng nhiệm vụ quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Khu Bảo tồn thiên nhiên Nam Nung, cụ thể về cơ cấu tổ chức của Khu Bảo tồn:
I. Ban giám đốc, bao gồm: 01 Giám đốc và 02 Phó Giám đốc
Ông: Nguyễn Văn Mạnh Chức vụ: Giám đốc;
Ông: Phạm Trọng Thủy Chức vụ: Phó Giám đốc;
Ông: Bùi Duy Giáp Chức vụ: Phó Giám đốc.
II. Các phòng nghiệp vụ và các đơn vị trực thuộc: Bao gồm 03 phòng chuyên môn, 01 Hạt kiểm lâm (trực tiếp quản lý: 01 Đội Cơ động QLBVR và PCCCR; 10 Trạm kiểm lâm, Trạm quản lý bảo vệ rừng). Cụ thể
1. Phòng Tổ chức - Hành chính: Gồm 01 trưởng phòng; 01 Phó trưởng phòng; 02 chuyên viên viên và 03 Nhân viên hỗ trợ, phục vụ. Cụ thể:
Bà: Đinh Thị Luyên Chức vụ: Trưởng phòng.
Ông: Lê Viết Hoa Chức vụ: Phó Trưởng phòng
2. Phòng Khoa học và Hợp tác Quốc tế: Gồm 01 Phó trưởng phòng giao Phụ trách phòng; 02 kỹ sư; 01 chuyên viên và 01 nhân viên. Cụ thể:
Ông: Phạm Thế mãn Chức vụ: Phó trưởng phòng giao Phụ trách phòng.
3. Phòng Kế hoạch - Tài chính: Gồm 01 Phó trưởng phòng giao Phụ trách phòng, kế toán trưởng; 01 Kế toán viên; 01 chuyên viên; 01 Văn thư, thủ quỹ và 02 nhân viên. Cụ thể:
Bà: Trần Thị Hải Chức vụ: Phó trưởng phòng giao Phụ trách phòng, kế toán trưởng
4. Hạt Kiểm lâm: Bao gồm 10 Trạm Kiểm lâm, Trạm QLBVR, bộ phận Pháp chế, Đội cơ động QLBVR và PCCCR với tổng 52 người.
Ông: Dương Văn Tuân Chức vụ: Hạt trưởng.
Ông: Chu Văn Dũng Chức vụ: Phó Hạt trưởng
III. Các tổ chức đoàn thể:
1. Cấp ủy chi bộ:
Ông: Nguyễn Văn Mạnh Chức vụ: Bí thư
Ông: Phạm Trọng Thủy Chức vụ: Phó bí thư
Bà: Đinh Thị Luyên Chức vụ: Chi ủy viên
2. Công đoàn cơ sở
Ông: Bùi Duy Giáp Chức vụ: Chủ tịch
Ông: Nguyễn Văn Hà Chức vụ: Phó chủ tịch
Ông: Nông Văn Có Chức vụ: Ủy viên
Bà: Nguyễn thị Nhung Chức vụ: Ủy viên
Bà: Đoàn thị Nhất Chức vụ: Ủy viên
3. Đoàn thanh niên CS HCM
Bà: Đoàn Thị Nhất Chức vụ: Bí thư;
Ông: Nguyễn Văn Phong Chức vụ: Phó Bí thư
Ông: Đỗ Quyết Thắng Chức vụ: ủy viên